千百年前，湖南辰州发生瘟疫，“十室九空，新冢成林”。
州中人瞿公染病身亡，瞿母三日后追夫而去，其子瞿童(字柏庭)如苦藤坠瓜，乡人刘五见状，带瞿童上船，顺沅水而下，至武陵桃源山，入桃川宫学道从医。观主黄洞源收下瞿童，并带至药堂，让其拜药堂道人朱安为师。
朱安为人刁钻，见瞿童父母双亡，出身贫贱，令他每日晨钟之刻到药圃，挑水浇药，移苗摘果。午后去武陵山中采集人参、菌耳、山果之类，暮鼓之时回观，如无所获，罚其掌灯捣铡药草，不到鸡鸣时分，不得上床入睡。
冬去春来，瞿童收获圃药多季，采回山药无数，周身却被师傅朱安打得遍体鳞伤。
一日傍晚，瞿童攀缘上沅江江岸菜萝山悬崖，发现一枚异菌，透身翡翠，晶露欲滴，他刚伸手抓住菌柄，一粗若斗桶的毒蛇，张开血口向他袭来，瞿童不知所措，顺千仞石峭，骨碌下滚。
瞿童苏醒时，已躺在沅江边一叶渔舟之上，渔翁告诉他：“幸你手握灵芝，服下半枚才会如此。”渔翁将所剩半枚灵芝交给瞿童，此时观中暮鼓敲响，瞿童揣好灵芝，辞谢渔翁，速速回观。
舍船上岸，行至江溪交泾处，桃花溪桥头，躺一白发老者，气息奄奄，瞿童取出半枚灵芝，忽听耳畔隐约有渔翁之声：“瞿童，误时归观与空手而回，恐在劫难逃啊！”出家人慈悲为怀，普度众生，救人一性命，胜修三年行，瞿童心中立刻想起黄洞源的教诲，毅然将灵芝塞进了老者口中，顷刻，那老者睁开双眼，仰坐起来：“多谢道童相救！”顺手从头上拔下两根长长白发，又从腋下掏出骨针曰：“我替你缀补脱腮鞋帮吧！”
瞿童穿好老者缀补的鞋，顿觉两脚生风，来到观中，司鼓道人正在打响收捶暮鼓，进得药堂，师傅朱安正和观外俗医对弈，便让瞿童生火做饭。
第二天午后，瞿童出得观门采药，片刻便抵一里之半的桃林，林穷得山，山有小口，瞿童进得洞内。见有石室、石床、石几，复前行数步。在豁然开朗的“艺圃”中，拾得一棋子，状若小龟，光润如玉。回观献之朱安，朱安却脸若冰霜，责骂瞿童：“观外瘟疫盛行，急需药物治病。祸该贪图戏物？”瞿童急忙认错，忙去制药房调制药草，雄鸡报晓之时，他仍汗流浃背。他想到瘟疫之中的父老乡亲，想到死亡的父母，要调制更多的药物，去拯救民众。
黎明时，他来到药堂房，忽听堂内有窃窃私语之声，顺壁缝望去，见师傅朱安正与昨日对弈俗医偷偷进行药物交易，朱安接下银子，揣到怀中，才替俗医将药袋搂上肩头。俗医走后，朱安又冲了碗人参与菌耳，狼吞虎咽之后，才进了卧室，瞿童见状，只好畏缩着返回了制药房。
道观晨钟响过，住持黄洞源来到制药房，瞿童张大惺忪之眼拜见，黄洞源问：“瞿童，何要通宵达旦？”瞿童答曰：“弟子十夜不寐，能救一人性命，便足矣。”黄洞源点点头，便让朱安起床，要库中存药，以济疫民。朱安吱唔一阵，道药圃人手不够，瞿童贪玩贪睡，故而库药无几。黄洞源脸色一沉，挥动拂尘，朱安衣兜之中的银子嗖嗖落地。朱安吓得面如土色，急忙磕头求饶，瞿童一并下跪，愿替师父赎罪。黄洞源见状，罚朱安为火工道人。
黄洞源召瞿童进后堂：“你师父朱安欺世贪婪，终不成正果，如今观外妖畜作孽，血雨腥风，你去救民于瘟疫，何如？”“弟子万死不辞。”“观中尚有粉药一斗，见武陵江河井渠塘池之水，均要撒药一勺，以净水毒。”“弟子遵命！”“不成”黄洞源又曰：“撒药前还得用上二味药引。”“弟子不知用何二物为引？”“童血与童尿”。“弟子本身可取，为了千万生灵，不惜肝脑涂地，况啬尿血乎？”
黄洞源拿出石龟曰：“此乃世外仙人所遗棋子，你既得之，必有所用之处，带着下山吧！”
瞿童背负药袋，怀揣石龟，走出观外，见朱安追上，道师徒情谊，苦不能一同前往，当送黄符一道，谓急难时，拆开黄符，念起咒语喏喏，定能遂愿。瞿童谢之，头顶炎热酷暑，攀涉武陵山区，见诸水面，便割开静脉，憋开童壶，遵住持之嘱而行。
七七四十九日之后，瞿童到过武陵九千九百水井，九千九百塘池，九千九百溪渠，已是药袋空瘪，体重锐减，倒觉身轻如燕，精神抖擞。
这天傍晚，瞿童来到潇湘“渔村夕照”之地，但见“武陵渔舟招招”，不见渔人劳作，料定渔村瘟疫甚重，他抖去最后一勺粉药，流出最后一勺童血，憋出最后一泡童尿。顿时，江面波涛汹涌，村头乌云避日，瞿童双眼飞进砂粒，不辨滩头江面，便拆开黄符，念起咒语。
霎时，江面孽龙现形，张开血口，向他扑来：“凡尘小儿，你为老道帮凶，在我头上撒尿喷血，坏我好事，今日叫你碎尸万段!”瞿童才知中了朱安之计，急中生智，掏出怀中石龟，向孽龙掷出，只听一声惨叫，滩头一巨大鳖龟，斩断了孽龙，瞿童定神一看，断龙头乃呈现出朱安之像。
此时，天空霞光万道，瞿童静了沅江之水，便回观内向住持黄洞源复命。
瞿童来到桃川宫前，不闻钟鼓之声，不见香火之光，走进观中，但见全观道众染疫不起，全知妖孽临死所为，他转到火房，毅然砍断臂膀，剖开童壶，也要净下观中饮水之毒，他操起砍刀，一只白鹤飞来，变为一位白发老者，瞿童定神一看，正是桃花溪桥头拯救之人，老者笑曰：“不必如此，只烦你跳进水缸，洗尽全身，将净身之水遍洒观中，武陵便永无瘟疫了。”
瞿童问：“仙师此话当真？”老者曰：“我乃师祖东方庚星之坐骑，明朝白日时分，师祖度你成仙。”说着，又变为白鹤飞去。
瞿童跳进水缸，顿觉周身火辣难忍，他盘坐缸中，静心闭目，毫无声息，一时三刻之后，缸水一片殷红，他出得缸来，将水洒满观中柱梁壁窗，观中人果然痊愈。他将此事告知住持黄洞源，黄洞源微微笑道：“你修道三年已满，造福万民，当成正果，师祖明日在后山度你成仙。
第二天瞿童来到观后的古松下，正值白日升空。一朵紫云掠过桃川宫顶，师祖按下坐骑，在瞿童头上按挲三下，便与他同乘仙鹤而去。
送行的师兄师弟长呼短唤，瞿童实在不忍，脱下一只鞋子作为纪念扔了下来，正好打在松树顶上，松树成了秃头老人一般。如今大松树依然挺立山巅，记载着桃花源如此美丽的传说，也吸引了不少仕宦与墨客。
白日飞升的意思：道教谓人修炼得道后，白昼飞升天界成仙，不同于尸解和虹化，也比喻一朝显贵。
