朝廷的腐败，地主豪强的压迫，再加上接二连三的天灾，逼得老百姓没法活下去了，纷纷起来反抗。
先是吴郡一带农民起来攻打县城，杀了官吏。会稽人许生在句章（今浙江慈溪）起兵，没有几天工夫，聚集了一万多人。汉灵帝下令叫扬州刺史和丹阳太守发兵围剿，被起义的农民打败。许生的声势越来越大，还自称“阳明皇帝”。
公元１７４年，吴郡司马招募人马，联合州郡官兵打败了许生。吴郡的起义军虽然被镇压下去，但是更大的武装起义却正在酝酿着。
巨鹿郡有弟兄三个，老大名叫张角，老二叫张宝，老三叫张梁。三个人都挺有本事，还乐意帮助老百姓。
张角懂得医道，给穷人治病，从来不要钱，所以穷人都拥护他。
他知道农民受地主豪强的压迫和天灾的折磨，多么盼望有一个太平世界，让他们安安乐乐过日子。他决定利用宗教把群众组织起来，创立一个教门叫太平道，收了一些弟子，跟他一起传教。
相信太平道的人越来越多。张角又派他的兄弟张宝、张梁和弟子周游各地，一面治病，一面传道。大约花了十年工夫，太平道传遍了全国。老百姓不论是信或者不信，没有不知道太平道的。各地的教徒发展到几十万人。
当时，郡县的官吏也只认为太平道是劝人为善、给人治病的教门，谁也没有认真过问。朝廷里有一两个大臣看出苗子，奏请灵帝下令禁止太平道。汉灵帝正忙着建造他的林园，也没把太平道放在心里。
张角他们把全国八个州几十万农民都组织起来，分为三十六方，大方一万多人，小方六七千人，每方都推举一个首领，由张角统一指挥。
他们秘密约定三十六方在“甲子”年（公元１８４年）三月初五，京城和全国同时起义，口号是：“苍天当死，黄天当立；岁在甲子，天下大吉。”“苍天”，就是指东汉王朝；“黄天”，就是指太平道。他们还暗暗派人在洛阳的寺庙和各州郡的官府大门上，用白粉写上“甲子”两字，作为起义的暗号。
可是，在离开起义时间还有一个多月的紧要关头，起义军内部出了叛徒，向东汉政权告了密。朝廷立刻在洛阳进行搜查。在洛阳做联络工作的马元义不幸被捕牺牲，和太平道有联系的群众一千多人也遭到杀害。
由于形势突然变化，张角当机立断，决定提前一个月起义。张角自称天公将军，称张宝为地公将军，张梁为人公将军。三十六方的起义农民，一接到张角的命令，同时起义。所有起义的农民头上都裹着黄巾，作为标志，所以称做“黄巾军”。
各地起义军攻打郡县，火烧官府，打开监狱，释放囚犯，没收官家的财物，开放粮仓，惩办官吏、地主豪强。不到十天，全国都响应起来了。各地起义军从四面八方向洛阳涌来，各郡县的告急文书像雪片一样飞向京都洛阳。
汉灵帝慌忙召集大臣，商量镇压措施。
汉灵帝拜外戚何进为太将军，同时派出大批人马，由皇甫嵩、朱儁（音ｊùｎ）、卢植率领，分两路去镇压黄巾军。
但是，各地起义军好像大河决了口子一样，官府哪儿抵抗得了。大将军何进不得不叫汉灵帝下了一道诏书，吩咐各州郡自己招募人马，对付黄巾军。这么一来，各地的宗室贵族、州郡长官、地主豪强，都借着打黄巾军的名义，趁机抢夺地盘，扩张势力，把整个国家闹得四分五裂。
黄巾军面对东汉朝廷和各地地主豪强的血腥镇压，坚持了九个月艰苦顽强的战斗。在紧张战斗的关键时刻，黄巾军领袖张角不幸病死。张梁、张宝带领起义军将士和敌人进行殊死搏斗以后，先后在战斗中牺牲。
起义军的主力虽然失败。但是化整为零的黄巾军一直坚持战斗了二十年。东汉王朝的腐朽统治，经过这场大规模起义的致命打击，也就奄奄一息了。
